肛瘘一旦形成了，自愈的机会是非常少的，很多的患者一开始就是抱着可以治愈的心态而拖着不去治疗，导致了病情的日益加重。那么肛瘘为什么不能自愈呢?
内口的存在：脓肿虽然已经破溃或者是已切开引流，但是原发感染源比如肛窦炎、或者是肛腺感染依然存在，肠腔的内容物还可以从内口继续进入瘘管。
肛门部不能静养，脓腔不容易粘合：排粪、排尿的时候，因为括约肌收缩或者是因为炎症地刺激肛门括约肌，使肛门的括约肌经常处在痉挛的状态;肠腔当中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔的组织增生变厚，管腔难以闭合。
其他：脓腔引流不畅，或者是外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔里面，导致脓肿再发并且穿破而形成了新的支管或者是瘘道；管道大多在不同地高度穿过肛门括约肌，括约肌的收缩阻碍脓液排出，以导致引流不畅。
